Początki parafii Nowa Cerekwia po raz pierwszy wzmiankowanej jako Nova Ecclesia, tj. Nowy Kościół (takie też znaczenie ma obecna nazwa miejscowości) datuje się na rok 1234, kiedy to margrabia morawski Przemysł nadał patronat nad miejscową świątynią żeńskiemu klasztorowi cysterskiemu w Oslavanach (koło Brna). Klasztor sprawował pieczę nad życiem duszpasterskim mieszkańców wsi aż do 1423 roku.
Później majątek kościelny przeszedł w ręce Niczek Heyda, którego córka Katarzyna wychodząc ok. 1450 roku za mąż za Jana Donata z Vielkiej Polomy otrzymała Nową Cerekwię w posagu.
W 1585 r. po kilkukrotnej zmianie posiadaczy, majątek dostał się we władanie hrabiów z Vrbna i pozostał ich własnością aż do lat 90-tych XVIII wieku. Podczas ich rządów zbudowana została rezydencja określana jako zamek i stanowiąca siedzibę właścicieli, a także w 1688 r. hrabia Wacław Walerian z Vrbna i Bruntalu ufundował w Nowej Cerekwi murowany kościół cmentarny pw. św. Wacława, zbudowany na miejscu starej drewnianej kaplicy. Kościół ten pozostaje w ruinie od czasu działań wojennych w 1945 r. Na ścianach świątyni zachowała się zabytkowa płyta nagrobna, marmurowe epitafium inskrypcyjne Wacława Cypriana z Vrbna (+ 1696 r.) z płaskorzeźbionym kartuszem herbowym
Wiadomo, że w okresie od 1530 do 1639 r. kościół znajdował się w rękach ewangelików. Parafia Nowa Cerekwia należała wówczas do Suchej Psiny, bo w Nowej Cerekwi było jeszcze za mało katolików.
Ponieważ Józef Wacław hrabia z Vrbna był strasznie zadłużony, majątek Nowa Cerekwia przeszedł w roku 1792 do rąk gminy.
Nową Cerekwię nawiedzały często różne nieszczęścia. Już w 1241r. napadli na miejscowość Tatarzy, w 1428r. byli tutaj Husyci. Szwedzi grasowali na tych ziemiach w latach 1626, 1627 i 1642. W 1666 r. wybuchł wielki pożar, w którym spłonęły: szkoła, kościół i plebania razem z dokumentami i księgami kościelnymi. Dlatego też księgi kościelne datują się od 1666 roku.
Obecny kościół, jeden z najpiękniejszych i największych w powiecie był budowany od 1783 do 1787 r. w stylu barokowo-klasycystycznym, i tak jak poprzedni kościół , który był już za mały, poświęcony został św. Apostołom Piotrowi i Pawłowi. Nad głównym wejściem do kościoła znajduje się następujący napis: „TEN DOM BOŻY ZBUDOWANO NIESTWORZONEMU, KTÓRY BYŁ I JEST. ZBUDOWANY ZOSTAŁ BEZ NIESZCZĘŚCIA, GDYŻ BÓG SAM BŁOGOSŁAWIĄC NAŃ SPOGLĄDAŁ.”
Do parafii Nowa Cerekwia należały, oprócz Rogożan i Bezdekowa, Wojnowice do 1791r. i Boguchwałów od 1772 do 1793 r. Te wsie również wpłaciły część pieniędzy na budowę kościoła. Dziś w skład parafii Nowa Cerekwia wchodzą tylko Rogożany, pozostałe miejscowości tworzą odrębną parafię.
W 1825 r. spłonęły znów plebania, szkoła, 91 domów mieszkalnych i 50 stodół. Kościół płonął w pięciu miejscach, ale zdołano pożar ugasić. W 1909 r. na skutek nagłej odwilży, nastąpiła straszna powódź, nie notowana jeszcze w Nowej Cerekwi. Zalana została cała Kolonia i częściowo trzeba było ludzi ewakuować.
W 1856 r. spłonęła wieża zamkowa i całe piętro zamku. Uratowany zegar wieży umieszczono na wieży kościoła.
Obraz na głównym ołtarzu przedstawia Sobór apostolski w Jerozolimie.
Organy zostały zakupione z okazji 100-lecia kościoła w 1887r. od firmy Rieger z Krnowa – mają 20 głosów. Instrument jest sygnowany jako opus 206.